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英雄联盟走a教学
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    解螺旋公众号·陪伴你科研的第2554天 CR的高通量可视化数据库 染色质调节因子(chromatin regulators,CR)可以动态调节染色质结构,以表观遗传方式调节基因表达,从而对内源性和外/p>

    解螺旋公众号·陪伴你科研的第2554天

    CR的高通量可视化数据库

    染色质调节因子(chromatin regulators,CR)可以动态调节染色质结构,以表观遗传方式调节基因表达,从而对内源性和外源性信号提示作出反应。CR的体细胞改变或错误表达可能会对染色质的表观基因图谱进行重新编程,从而导致广泛的常见疾病,尤其是癌症。今天我们就一起来看这个通过高通量的数据分析和文献挖掘构建的CR在人类癌症的综合注释和可视化数据库——CR2Cancer数据库。

    开发者收集并整合了400多个不同癌症类型的CR的基因组、转录组、蛋白质组、临床和功能信息。开发者还建立了多种类型的CR相关关系,包括肿瘤类型依赖性(CR靶点和miRNA-CR)和独立性(蛋白-蛋白相互作用和药物靶点)的CR相关关系。此外,开发者还从5007份出版物中手工整理了约6000项癌症发展中CR的异常分子改变和相互作用。

    浏览

    数据库支持肿瘤类型、功能、突变率、差异表达、ChIP-Seq数据、药物等六种浏览方式。

    1

    肿瘤类型

    分为原发肿瘤组织和细胞系两组,用户可根据自己的需求选择合适的类别。点击相应的原发肿瘤组织或细胞系均可进入详情页面。

    以“bladder urothelial carcinoma”为例,详情页面显示了各个基因的相关信息,包括基因缩写、全名、突变率、变化倍数、P值和皮尔森相关系数。点击具体的基因名可查看该基因的具体情况。

    以“KMT2D”为例,页面包括了KMT2D的功能、突变、PTM、RNA表达、拷贝数、甲基化、蛋白组学、临床、靶点、药物、互作等信息。

    1. 功能

    除基因的基本信息外包域、功能和分类、 GO分析KEGG和reactome通路分析。

    域、功能和分类

    GO分析

    KEGG和reactome通路分析

    2. 突变

    除基因的基本信息外包括① TCGA中的突变信息、② CCLE中的突变信息、③ Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC)数据库中的突变信息和④ 文本挖掘。

    TCGA中的突变信息

    CCLE中的突变信息

    Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC)数据库中的突变信息

    文本挖掘

    3. PTM

    显示了各种翻译后修饰

    4. RNA表达

    除基因的基本信息外包括①TCGA中的RNA表达信息、② CCLE中的RNA表达信息、③ HPA中的表达信息和④ 文本挖掘。

    TCGA中的RNA表达信息

    CCLE中的RNA表达信息

    HPA中的表达信息

    文本挖掘

    5. 拷贝数

    6. 甲基化

    7. 蛋白组学

    除基因的基本信息外包括① TCGA中的信息和② HPA中的信息。

    TCGA中的信息

    HPA中的信息

    8. 临床

    除基因的基本信息外包括① 亚型、② 总生存率、③ 分期和④ 。

    亚型

    总生存率

    分期

    分级

    9. 靶点

    除基因的基本信息外包括① Targets inferred by reverse engineering method和② ChIP-Seq确定的靶点。

    Targets inferred by reverse engineering method

    ChIP-Seq确定的靶点

    10. 药物

    11. 互作

    除基因的基本信息外包括① PPI、② miRNA和③ 文本挖掘。

    PPI

    miRNA

    文本挖掘

    2

    功能

    按照DNA修饰、组蛋白修饰和染色质修饰三种进行分类。点击英文基因名可进入相应的详情页面。

    3

    突变率

    包括在TCGA组织中的突变率和CCLE细胞中的突变率。

    4

    差异表达

    示了在失调、上调和下调的例数。

    5

    ChIP-Seq数据

    6

    药物

    检索

    支持简单检索、批量检索、癌症类型检索和高级检索四种。

    单检索

    批量检索

    癌症类型检索

    高级检索

    下载

    支持下载之前提到的所有数据。

    总之,CR2Cancer提供了一个用户友好的web界面,可以方便地浏览、搜索和下载感兴趣的数据。我们相信该数据库将成为癌症表观遗传学研究和潜在临床应用的宝贵资源。

    END

    撰文丨阿波没有罗

    排版丨豨莶

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    本周直播预告

    领 悟 科 研 优 人 一 步

    直播主题:《医生做科研的最佳路径》

    直播时间:5月8日晚18点-20点

    本次直播将在 哔哩哔哩微信视频号同步播出,同时也会在双平台进行直播抽奖。大家可以去微信视频号进行直播预约,点赞推荐直播预告还有机会赢得解螺旋精美周边。

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    解螺旋期待与你共同成长

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